Adebayor cũng đủ điều kiện để chơi cho Nigeria nhưng anh đã chọn đại diện cho đất nước nơi anh sinh ra.[67] Adebayor đã giúp Togo giành quyền tham dự Cúp bóng đá châu Phi 2006 với 11 bàn thắng anh ghi được ở vòng loại, nhiều hơn bất kỳ cầu thủ nào khác. Vào ngày 10 tháng 2 năm 2009, Liên đoàn Bóng đá châu Phi (CAF) đã chọn Adebayor là Cầu thủ xuất sắc nhất châu Phi năm 2008 tại buổi trao giải tổ chức ở Lagos, Nigeria. Adebayor đã đánh bại các ứng cử viên Mohamed Aboutrika của Ai Cập và Michael Essien của Ghana trong cuộc bình chọn từ các huấn luyện viên của 54 đội tuyển quốc gia thuộc CAF. Đây là lần đầu tiên một người Togo giành danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất châu Phi.

Adebayor đã giúp Togo giành quyền tham dự World Cup 2006 ở Đức và đá chính cả ba trận vòng bảng trước Hàn Quốc, Thụy Sĩ và Pháp, nhưng không ghi được bất kỳ bàn thắng nào và Togo kết thúc ở vị trí cuối cùng. Adebayor đã được chọn làm đội trưởng sau giải đấu này.

Anh được gọi vào đội tuyển ở Cúp bóng đá châu Phi 2006, chỉ được ngồi dự bị ở trận đấu đầu tiên. Adebayor tuyên bố sẽ rời khỏi giải đấu và trở về nhà, mặc dù sau đó anh đã trở lại tập luyện cùng đội bóng.[68] Togo đã bị loại sau khi để thua cả ba trận. Anh đã bị loại khỏi đội tuyển Togo sau khi có hành động đòi hỏi khoản tiền thưởng từ đội tuyển.[69] Tuy nhiên, Adebayor đã được gọi trở lại vào tháng 9 năm 2007.Ngày 11 tháng 10 năm 2008, Anh ghi bốn bàn thắng giúp Togo đè bẹp Swaziland với tỷ số 6-0 ở vòng loại World Cup.

Mặc dù đang bị chấn thương, Adebayor thi đấu cho Togo đối đầu với Cameroon. Trong trận đấu này anh đã ghi bàn thắng duy nhất cho Togo để ấn định chiến thắng.[70]

Vào ngày 8 tháng 1 năm 2010, Adebayor là một trong những cầu thủ có mặt trên chuyến xe buýt chở đội tuyển Togo bị tấn công khủng bố khi đang trên đường tham dự Cúp bóng đá châu Phi ở Angola.[2] Cuộc tấn công đã dẫn đến chết người, tất cả các cầu thủ đều sống sót nhưng ba người khác thì đã bị giết chết, điều này đã buộc đội tuyển Togo rút lui khỏi giải đấu.[3] Adebayor sau đó đã tuyên bố giã từ đội tuyển quốc gia vào ngày 12 tháng 4 năm 2010, "Tôi đã cân nhắc những cảm xúc của tôi trong nhiều tuần và nhiều tháng kể từ vụ tấn công đó và tôi vẫn còn bị ám ảnh bởi những sự việc mà tôi đã chứng kiến vào cái buổi chiều kinh khủng đó trên chuyến xe buýt của đội tuyển Togo. Chúng tôi chỉ là những cầu thủ chơi những trận bóng đá và đại diện cho đất nước của chúng tôi, nhưng chúng tôi đã bị tấn công bởi những con người muốn giết chết tất cả chúng tôi. Đó là cái giây phút mà tôi sẽ không bao giờ quên và tôi không bao giờ muốn trải nghiệm thêm một lần nữa trong đời."[4]

Adebeyor đã trở lại làm nhiệm vụ ở đội tuyển quốc gia vào tháng 11 năm 2011 sau sự đảm bảo an toàn từ Liên đoàn Bóng đá Togo,[71] với chiến thắng 1–0 trước Guinea-Bissau ở vòng loại World Cup 2014.[72]

Bàn thắng cho đội tuyển quốc gia